Обязанности:
Кого ищем Ищем практикующего биоинформатика по NGS и omics, который умеет строить воспроизводимые пайплайны анализа секвенирования: от сырого FASTQ до биологической интерпретации результата. Обязательно FASTQ QC: FastQC, MultiQC trimming и фильтрация: Trimmomatic, fastp, Cutadapt выравнивание: BWA, Bowtie2, STAR, HISAT2 форматы BAM/SAM, VCF, BED, GTF/GFF variant calling: GATK, bcftools, samtools RNA-Seq: count matrices, DESeq2/edgeR, дифференциальная экспрессия scRNA-Seq: Seurat или scanpy, кластеризация, UMAP/t-SNE, аннотация клеток metagenomics: Kraken2, MetaPhlAn, HUMAnN или аналоги workflow-инструменты: Snakemake, Nextflow, Conda/Docker Будет плюсом cloud/HPC для NGS long-read sequencing: PacBio, Oxford Nanopore сборка генома: SPAdes, Flye, Canu аннотация: Prokka, eggNOG, InterProScan клиническая геномика и интерпретация вариантов multi-omics integration Инструменты FastQC, MultiQC, STAR, HISAT2, BWA, Bowtie2, samtools, bcftools, GATK, DESeq2, edgeR, Seurat, scanpy, Kraken2, MetaPhlAn, SPAdes, Prokka, Snakemake, Nextflow, Docker, Conda. Что особенно ценим Ценим реальные NGS-проекты (RNA-Seq, exome, WGS, scRNA-Seq, metagenomics), умение строить воспроизводимый пайплайн, опыт интерпретации результатов для биологов и медиков, а также работу с большими файлами на сервере или HPC.Похожие вакансии