Senior / Lead Bioinformatics

Компания ООО «Онкодиагностика Атлас» (Центр молекулярной онкологии «ОнкоАтлас») Наш сайт oncoatlas.ru ОнкоАтлас - лидирующая компания на рынке прецизионной онкологии. Мы помогаем больным, подбирая лучшее лечение по результатам молекулярного профилирования опухоли. Наша цель - сделать прецизионную онкологию доступной максимальному количеству людей. В 2020 мы зарегистрировали первый в России набор реагентов для генетического анализа мутаций генов BRCA1/BRCA2 и других методом NGS, в 2021 – набор для анализа 15 генов для диагностики рака легкого, меланомы, колоректального рака и некоторых иных типов рака, а также развиваем широкий спектр услуг персонализированного генетического анализа в онкологии. Дальше - больше. В рамках любой деятельности мы придерживаемся высоких стандартов качества и, помимо разработки и реализации диагностических тест-систем на основе NGS, мы выполняем услуги по комплексному молекулярному профилированию, а также на постоянной основе инициируем или участвуем в научно-исследовательских проектах в сфере трансляционной онкологии. О позиции: В нашу R&D команду мы ищем опытного специалиста с бэкграундом в онкологии или генетике для создания и поддержки пайплайнов по анализу генетических данных, адаптации текущей инфраструктуры для новых задач. У нас небольшая команда биоинформатиков и разработчиков. Мы участвуем в создании и дизайне новых NGS-продуктов, а также разрабатываем ПО для анализа этих данных. Параллельно ведем научные коллаборации с исследовательскими и медицинскими центрами. У нас развернута достаточно мощная и современная вычислительная инфраструктура для анализа и хранения данных. Мы стремимся к максимальной автоматизации рутинных процессов, поэтому для нас критичны навыки программирования: сейчас это в основном Python, а также Perl и Bash. Важен опыт работы с базами данных (SQL), а также понимание Git и Docker. Мы открыты к предложениям и изменениям в текущей инфраструктуре — если есть идеи, как сделать наши пайплайны и ПО более стабильными, масштабируемыми и удобными в операционной работе, их точно услышат и поддержат. Одна из самых сложных и интересных задач у нас — анализ соматических нарушений в опухолях. Поэтому нам нужен человек с опытом в онкологии и пониманием специфики работы с соматическим материалом. Мы тесно взаимодействуем с лабораторией и клиническими аналитиками — это специалисты с большим опытом и экспертизой. Такое взаимодействие позволяет видеть весь процесс целиком: от пробоподготовки и секвенирования до интерпретации результатов и выбора клинически релевантных мишеней. В целом у нас молодая, активная команда, которая растет и масштабируется. Есть возможность включаться в процессы на всех этапах: каждый участник команды влияет на продукты и решения, а не просто является винтиком в общей машине. Обязанности: проектирование и развитие пайплайнов обработки данных; создание и дизайн новых NGS-продуктов, а также разработка ПО для анализа этих данных; анализ соматических нарушений в опухолях интеграция пайплайнов с Kubernetes; работа с workflow-движками (Nextflow или аналоги); оптимизация использования ресурсов кластера; интеграция с существующей инфраструктурой (Redis, GitLab, ArgoCD). Обязательные требования: 3+ года опыта работы биоинформатиком в области онкологии, геномики, онкогенетики, клинической онкологии или смежных областях (обязательное требование); опыт построения data pipelines; продвинутый уровень программирования или автоматизации (Python, Perl, Bash или аналогичные); опыт работы с базами данных (SQL); пониманием специфики работы с соматическим материалом; анализ данных NGS (важно наличие практического опыта работы); законченное высшее образование (техническое образование, биоинформатика, Life Science) Необязательно, но будет плюсом: опыт работы c Kubernetes, Docker, Git; понимание GitOps-подхода; научные исследования в онкологии; умение работать в команде, неконфликтность; лидерские качества Скиллы обязательные: Python, relative database, SQL, Statistical Data Analysis, Biostatistics, ML (Машинное обучение), Git, Data Analysis Не обязательно, но будет плюсом: Docker, Quality Control, Cancer Genomics, Kubernetes, bash Условия: полная занятость, пятидневная рабочая неделя (суб, воскр. – выходные); официальное оформление по Трудовому кодексу; гибридный формат работы с местом работы в Москве; з/п по результатам собеседования; прозрачная система премирования; ДМС после испытательного срока (3 месяца); офис в шаговой доступности от ст. метро Октябрьская (5 минут ходьбы).