Биоинформатик (контроль качества данных NGS)

Отдел системной биологии и биоинформатики ФГБУ «ЦСП» ФМБА России ищет биоинформатика с опытом работы с NGS-данными, знанием биологии и генетики, пониманием этапов анализа и обработки полногеномных данных (от выделения ДНК до аннотации генетических вариантов). Наш отдел выполняет научные исследования в области биоинформатики, разрабатывает пайплайны для обработки и анализа данных WGS, а также проводит научно-медицинские исследования и методические работы. Краеугольным камнем отдела являются систематизация, основательный подход, ответственность и аккуратность. Мы будем рады видеть в наших рядах инициативных и ответственных коллег, которые заинтересованы в получении результата. Обязанности Разработка и внедрение критериев контроля качества на разных этапах работы с данными WGS; Работа с большими базами данных с биологической и клинической информацией: парсинг, статистический анализ данных, визуализация; Интерпретация и сопоставление полученных результатов запуска биоинформатических программ; Разработка новых и доработка имеющихся пайплайнов для контроля качества данных с использованием таких технологий и инструментов как Docker (Nexus), Git (GitLab), Jenkins, CWL (Rabix); Планирование, организация и проведение «мокрых» и «сухих» экспериментов для апробации новых метрик контроля качества NGS-данных; Оформление результатов работы в публикации. Требования Знание основ биологии, генетики человека. Знание технологий секвенирования следующего поколения. Уверенное владение bash. Владение инструментами визуализации данных с помощью Python или R. Знание основных биоинформатических инструментов для контроля качества данных. Понимание формата VCF, навыки работы с ним. Навыки тестирования ПО. Умение и желание готовить научные публикации. Высшее образование. Преимущества Опыт разработки метрик контроля качества NGS-данных на всех этапах обработки и анализа (от выделения ДНК до аннотации генетических вариантов). Опыт работы с геномными браузерами (IGV, NGB): установка, настройка, использование в работе. Навыки работы с базами данных (dbSNP, ClinVar, GNOMAD, UniProt, GeneCards и т.д.) и биоинформатическими интернет-ресурсами. Условия Рабочий график: 5/2 (очно). Оборудованное индивидуальное рабочее место с современным мощным ноутбуком и двумя мониторами. Зарплата: обсуждается по итогам собеседования. Возможно посещение конференций и других мероприятий по теме работы. Возможно прикрепление к ведомственной поликлинике. Для отклика: напишите, пожалуйста, с какими NGS данными Вы работали, какие инструменты использовали.